贺福初
第一任院长 2004—2007
中国科学院院士，博士生导师，发展中国家科学院院士

贺林
第二任院长 2007—2011
中国科学院院士，博士生导师，遗传生物学家

包志宏
党总支书记 2004—2014
研究员，中共党员，现任上海医学院副院长

杨芃原
常务副院长 2005-2021
复旦大学特聘教授，博导

徐彦辉
科研副院长 2015-2019
研究员，博士生导师，中共党员