EMBO Reports丨程净东课题组揭示60S核糖体组装的新机制

发表时间:2023-05-04  |  阅读次数:2167次  |  字体大小 [ ]

 真核生物核糖体的组装从核仁开始,在细胞质内完成,是细胞内最重要、最耗能的过程,该途径包含4条rRNA的剪切、折叠,以及80个核糖体蛋白的翻译、转运和组装,并有多于200个的组装因子参与其中(1)。近年发现,核糖体组装的异常与人类多种疾病密切相关,已经成为疾病治疗研究的热门靶点(2)。

真核生物60S核糖体包含5S、5.8S、25S/28S rRNA和约47种核糖体蛋白。在核仁内, RNA聚合酶I转录最先形成35S前体rRNA(在人细胞内为 47S rRNA),其中包含小亚基18S rRNA和大亚基5.8S rRNA、25S/28S rRNA。通过其上A2/A3位点的切割,可以将35S rRNA分割为大、小亚基两部分,同时也将核糖体的组装分成了大、小亚基两条独立的主线。而大亚基5S rRNA是由RNA聚合酶III单独转录,并在胞质内加工成熟。成熟后的5S rRNA与核糖体蛋白 uL18和uL5一起(构成5S RNP),在一系列组装因子的帮助下最终被整合到 pre-60S核糖体中(3)。虽然对5S RNP的组装已有较多研究,但它是何时、以何种方式被稳定的整合到pre-60S核糖体中,迄今为止依然是未知的。而且,25S rRNA结构域IV的早期折叠过程也没有被研究过。

2023年5月2日,来自复旦大学生物医学研究院的程净东课题组与海德堡大学Ed Hurt教授课题组以及慕尼黑大学Roland Beckmann教授课题组的合作者在EMBO Reports杂志上以长文的形式发表了“Mechanism of 5S RNP recruitment and helicase-surveilled rRNA maturation during pre-60S biogenesis”的研究文章(4)。

在以往研究的基础上,研究人员通过进一步的生化和冷冻电镜手段解析了9种不同的嗜热毛壳菌60S核糖体前体在核仁阶段的结构,分辨率达到了2.7 Å–3.6 Å,详细揭示了pre-60S核糖体核仁阶段的组装过程。其中的一个状态清晰的揭示了5S RNP稳定结合到早期pre-60S核糖体上的机制。作者们发现5S RNP在非常早的时期(state 5S RNP)才可以被稳定的整合到pre-60S核糖体中。其中所获得的5S RNP的构象区别于以往所有已知的构象5,作者推测在接下来的成熟过程中,5S RNP需要经过至少两种不同方向的转动,才能最终达到成熟的状态。接下来连续几个组装状态揭示25S rRNA结构域 IV在解旋酶 Dbp10、Spb4以及 Pumilio结构域因子 Puf6的顺序作用下一步步折叠的过程。折叠完成的最后,甲基转移酶 Spb1作为成熟过程检查点,通过甲基化位于肽基转移酶中心(PTC)附近A-loop,从而标志25S rRNA核仁阶段组装的完成,进而促进pre-60S核糖体进入核质内进一步组装。

该研究首次阐释了在嗜热毛壳菌中,5S RNP以及随后 25S rRNA的结构域 IV是如何在众多组装因子的共同作用下进行组装和折叠的机制。

德国海德堡大学Benjamin Lau博士和复旦大学博士生黄子轩为该论文共同第一作者,复旦大学生物医学研究院和附属闵行医院程净东青年研究员,德国海德堡大学Ed Hurt教授和慕尼黑大学Roland Beckmann教授为该论文共同通讯作者。本研究得到了来自上海市科委等科研基金的资助。

程净东课题组,依托复旦大学生物医学研究院和附属闵行医院,长期致力于翻译调控的分子机制的研究。迄今已发表40多篇研究论文,其中以通讯作者(包含共同)发表5篇(包括EMBO JNature Communications 等)。因课题组发展需要,长期招聘博士后科研人员和助理研究员,热烈欢迎具有生化和细胞生物学背景,有志于翻译调控研究的青年才俊加入。

原文链接:https://www.embopress.org/doi/full/10.15252/embr.202356910

参考文献:

1Woolford, J. L., Jr. & Baserga, S. J. Ribosome biogenesis in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics 195, 643-681, doi:10.1534/genetics.113.153197 (2013).

2Mills, E. W. & Green, R. Ribosomopathies: There's strength in numbers. Science 358, doi:10.1126/science.aan2755 (2017).

3Kressler, D. et al. Synchronizing nuclear import of ribosomal proteins with ribosome assembly. Science 338, 666-671, doi:10.1126/science.1226960 (2012).

4Lau, B. et al. Mechanism of 5S RNP recruitment and helicase-surveilled rRNA maturation during pre-60S biogenesis. EMBO reports, e56910, doi:10.15252/embr.202356910 (2023).

5Leidig, C. et al. 60S ribosome biogenesis requires rotation of the 5S ribonucleoprotein particle. Nature Communications 5, 3491, doi:10.1038/ncomms4491 (2014).


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