杰出青年
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工作经历
研究员,复旦大学,生物医学研究院(2022.02-至今)
研究员,中国科学院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所/上海营养与健康研究所 (2011.7-2022.1)
科研处处长,中国科学院上海生命科学研究院 (2010.10-2011.7)
博士后,美国康涅狄格大学健康中心 (2007.1-2010.9)
博士后,美国耶鲁大学 (2004.7-2006.12)
研究助理,中国科学院上海生命科学研究院 (2004.4-2004.7)
教育经历
博士,中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所 (1998.9-2004.3)
学士,兰州大学 (1994.9-1998.7)
所获人才项目
基金委杰出青年基金 2019
科技部中青年科技创新领军人才 2015
中科院百人计划 2012
上海市“浦江人才”计划 2011
所获奖项
兰州大学优秀毕业生 1998
Connecticut Stem Cell Seed Award (USA) 2010
明治生命科学奖 2014
中科院优秀导师奖 2015
中国科学院大学-BHPB导师科研奖 2015
中科院百人计划终期评估“优秀”2016
中科院优秀导师奖 2017
中科院上海营养与健康研究所优秀员工 2018
中国生物化学与分子生物学会“2014年度邹承鲁杰出研究论文奖” 2018
中科院上海营养与健康研究所优秀员工 2019
2019年度中国生物信息学十大应用 2019
中科院上海营养与健康研究所优秀员工 2020
上海科技大学优秀特聘教授 2020
研究方向
研究组致力于非编码RNA及基因组编辑等前沿技术创新体系研究,近5年来主要创建和利用一系列高效计算生物学分析新流程开展大数据分析,围绕外显子环形RNA生成加工和功能作用新机制、碱基编辑和修饰互作及调控网络、高效基因组碱基编辑新体系开发和应用等前沿领域开展合作探索,取得了一系列国际领先的重要原创成果。在Cell、Mol Cell、Nat Biotechnol、Genome Biol和Genome Res等学术期刊发表通讯或共同通讯作者研究论文50余篇、并被Cell、、Science和Nat Rev Mol Cell Biol等多次专评;受邀在Cell、Science和Trends Cell Biol 等发表通讯或共同通讯作者综述及专评10余篇;Google scholar引用超过16,000次。研究成果共申请专利10余项,其中3项专利已获授权。
代表论文

1.Yang L*, Wilusz JE* and Chen LL*. Biogenesis and regulatory roles of circular RNAs. AnnuRevCell DevBiol, 2022, Online ahead of print, doi: 10.1146/annurev-cellbio-120420-125117 (Review)

2.Li X#,*, Zhou L#, Gao BQ#, Li G#, Wang X#, Wang Y, Wei J, Han W, Wang Z, Li J, Gao R, Zhu J, Xu W, Wu J, Yang B, Sun X*, Yang L* and Chen J*. Highly efficient prime editing by introducing same-sense mutations in pegRNA or stabilizing its structure. Nat Commun, 2022, 13: 1669

3.Gao R#, Fu ZC#, Li X#, Wang Y#, Wei J, Li G, Wang L, Wu J, Huang X*, Yang L* and Chen J*. Genomic and Transcriptomic Analyses of Prime Editing Guide RNA-Independent Off-Target Effects by Prime Editors. CRISPR J, 2022, 5: 276-293 

4.Gao X#, Ma XK#, Li X, Li GW, Liu CX, Zhang J, Wang Y, Wei J, Chen J, Chen LL, Yang L*. Knockout of circRNAs by base editing back-splice sites of circularized exons. Genome Biol, 2022, 23:16

5.Wang L#, Xue W#, Zhang H#, Gao R#, Qiu H#, Wei J, Zhou L, Lei YN, Wu X, Li X, Liu C, Wu J, Chen Q, Ma H, Huang X, Cai C, Zhang Y, Yang B*, Yin H*, YangL*, Chen J*. Eliminating genome-wide and transcriptome-wide off-target mutations by base editor. Nat Cell Biol, 2021, 23: 552-563

6.Li GW#, Nan F#, Yuan GH, Liu CX, Liu X, Chen LL, Tian B, Yang L*. SCAPTURE: a deep learning-embedded pipeline that captures polyadenylation information from 3' tag-based RNA-seq of single cells. Genome Biol, 2021, 22: 221

7.Li SQ#, Li X#, Xue W#, Zhang L#, Cao SM, Lei YN, Yang LZ, Guo SK, Zhang JL, Gao X, Wei J, Li J*, Yang L*, and Chen LL*. Screening for functional circular RNAs using the CRISPR-Cas13 system. Nat Methods, 2021, 18: 51–59

·Highlighted byNat Rev Genet, 2021, 22: 68

8.Wang Y#, Gao R#, Wu J#, Xiong YC, Wei J, Zhang S, Yang B, Chen J* andYang L*. Comparison of cytosine base editors and development of the BEable-GPS database for targeting pathogenic SNVs. Genome Biol, 2019, 20: 218

9.Liu CX#, Li X#, Nan F#, Jiang S, Gao X, Guo SK, Xue W, Cui Y, Dong K, Ding H, Qu B, Shen N*, Yang L* and Chen LL*. Structure and degradation of circular RNAs regulate PKR activation in innate immunity. Cell,2019, 177: 865-880 (Featured Article)

·ESI top 1%

·Highlighted byCell, 2019, 177: 797-799

·Highlighted byScience, 2019, 364: 847

·Highlighted byNat Rev Immunol, 2019, 19: 351

·Highlighted byNat Rev Mol Cell Biol, 2019, 20: 387

·Highlighted byCell Biosci, 2019, 9: 43

·Highlighted by F1000 Prime, https://f1000.com/prime/735608202

·Highlighted byScience News Magazine, https://www.sciencenews.org/article/lack-circular-rna-may-trigger-lupus

10.WangX#, Li J#, Wang Y#, Yang B#, Wei J#, Wu J, Wang R, Huang X*, Chen J* andYang L*. Efficient base editing in methylated regions with a human APOBEC3A-Cas9 fusion. Nat Biotechnol, 2018, 36: 946-949

·ESI top 1%

·Highlighted byNat Methods, 2018, 15: 763

·Highlighted byNature Index, 2018, https://www.natureindex.com/article/10.1038/nbt.4198

11.Li X#, Wang Y#, Liu Y#, Yang B#, Wang X, Wei J, Lu Z, Zhang Y, Wu J, Huang X*, Yang L* and Chen J*. Base editing with a Cpf1-cytidine deaminase fusion. Nat Biotechnol, 2018, 36: 324-327

·ESI top 1%

·Highlighted byNat Methods, 2018, 15: 314

12.Xiang JF#, Yang Q#, Liu CX#, Wu M, Chen LL* and Yang L*. N6-methyladenosines modulate A-to-I RNA editing. Mol Cell, 2018, 69: 126-135

13.Zhang XO#, Dong R#, Zhang Y#, Zhang JL, Luo Z, Zhang J, Chen LL* and Yang L*. Diverse alternative back-splicing and alternative splicing landscape of circular RNAs. Genome Res, 2016, 26: 1277-1287

·ESI top 1%

14.Zhang XO#, Wang HB#, Zhang Y, Lu X, Chen LL* and Yang L*. Complementary sequence-mediated exon circularization.Cell, 2014,159: 134-147

·ESI top 1%

·Highlighted byCell, 2014, 159: 13-14

·Highlighted byNat Rev Genet, 2014, 15: 707

·Highlighted byF1000 Prime, https://f1000.com/prime/718882519

15.Zhang Y#, Zhang XO#, Chen T, Xiang JF, Yin QF, Xing YH, Zhu S, Yang L* and Chen LL*. Circular intronic long noncoding RNAs. Mol Cell, 2013, 51: 792-806 (Issue Highlight)

·ESI top 1%

·Highlighted by Mol Cell, 2013, 51:705-706

·Highlighted byNature China, 2013, Epub. on Oct. 2nd (doi:10.1038)

·Highlighted byInstitute for Creation Res, 2013, Epub. on Oct. 9th

·Highlight byNature, 2013, 501:464


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