石雨江

人才队伍

全聘课题组长

石雨江（Yujiang Geno Shi）
博士，研究员，复旦大学特聘教授，博士生导师
地址：上海市徐汇区东安路131号明道楼515室，200032
电话：021-54237875（办公室），021-54237874（实验室）
邮箱：shiyujiang@fudan.edu.cn

工作经历

双聘教授，复旦大学附属中山医院（2023-至今）
特聘教授，复旦大学（2022-至今）
副教授，美国哈佛医学院&布莱根妇女医院（2015-2022）
助理教授，美国哈佛医学院&布莱根妇女医院（2005-2015）
博士后，美国哈佛医学院病理系（2000-2005）

学术任职：
成员，表观遗传与代谢国家重点实验室科学顾问委员会，2018-2019
成员，上海癌症中心学术委员会，2017-2019
联合组办人，第1-9届Fudan Epigenetics Retreat，2011-2019
成员，哈佛医学院表观遗传学研究所学术指导委员会，2013
成员，第10届华人生物学者协会（CBIS，吴瑞协会）双边会议组委会，2013
成员，波士顿布莱根妇女医院内分泌学研究委员会，2012

专业协会或学会成员情况：
会员，美国糖尿病协会，2019-至今
会员，美国生化与分子生物学会，2018-至今
会员，美国细胞生物学会，1997-至今

基金评审专家任职情况：
评审专家，美国国家科学基金委，2011-2012
评审专家，美国国立卫生院神经系统的生物物理研究版块，2010
评审专家，美国国立卫生院，2009

学术期刊编委与审稿人任职情况：
学术期刊编委会成员：
编委会成员，生物化学杂志（JBC），2019-2023
编委会成员，Cell Discovery，2019-2022
副主编，Journal of Endocrinology, Diabetes & Obesity，2018-2020
副主编，Journal of Hypertension and Immunotherapy, 2018-2020
客座编辑，Endocrinology Research and Metabolism，2018

学术期刊审稿专家：
长期担任Cell、Cell Stem Cell、Cancer Cell、Molecular Cell、Development Cell、Nature、Nature Medicine、Nature Protocol、Nature Communication、EMBO J、EMBO Report、Cell Res、Nucleic Acids Res、Cancer Discovery、Cancer Res等生物医学顶级与权威期刊的审稿人。

教育经历

博士，美国佛罗里达大学，2000
学士，武汉大学，1990

所获奖项

Pew生物医学学者，PEW基金会，2006-2010

研究方向

主要从事表观遗传学前沿研究并作出了开创性贡献：发现了第一个组蛋白去甲基化酶LSD1/KDM1A，开创并奠定了组蛋白去甲基化的生物化学与生物物理学基础，并对其生物学功能的阐明作出了关键性的贡献，激发了表观遗传学领域后续一系列Jumonji结构域组蛋白去甲基化酶与DNA甲基化胞嘧啶氧化酶TET蛋白的发现；近年来，在DNA去甲基化酶TET蛋白家族的发现及其在干细胞与癌症中的功能研究领域取得了开创性成果，推动了表观遗传学的快速发展；此外，在组蛋白与DNA去甲基化的转化医学研究领域（特别是表观遗传学与肿瘤、代谢性疾病、神经发育与疾病的交叉领域）取得了多项重要研究成果，具有转化应用潜力。发表研究论文60余篇（其中Nature与Cell 主刊共10余篇， CNS子刊共20余篇）。
目前课题组的主要研究方向包括： 1）表观遗传学的基础研究，包括发现新型表观遗传标记，探索新型表观遗传酶及其功能研究；2）糖尿病、肥胖与癌症等疾病的表观遗传机理研究；3）衰老与长寿的表型组学及表观遗传学机理研究；4）抗衰计算生物学及新型的长寿&衰老模式生物创建与研究。

代表论文

1. Shi YJ, Sawada J, Sui G, Affar el B, Whetstine JR, Lan F, Ogawa H, Luke MP, Nakatani Y, Shi Y. Coordinated histone modifications mediated by a CtBP co-repressor complex. Nature. 2003; 422:735-8.

2. Shi YJ, Lan F, Matson C, Mulligan P, Whetstine JR, Cole PA, Casero RA, Shi Y. Histone demethylation mediated by the nuclear amine oxidase homolog LSD1. Cell. 2004; 119:941-953.

3. Sui G, Affar EB*, Shi YJ*, Brignone C, Wall NR, Yin P, Donohoe P, Calvo P, Luke MP, Grossman SR, Shi Y. Yin Yang 1 is a negative regulator of p53. Cell. 2004; 117:859-87. * Co- second author.

4. Shi YJ, Matson C, Lan F, Iwase S, Baba T, Shi Y. Regulation of LSD1 Histone Demethylase Activity by Its Associated Factors. Mol Cell. 2005. 19(6):857-64

5. Tahiliani M, Mei P, Fang R, Leonor T, Rutenberg M, Shimizu F, Li J, Rao A and Shi YJ. The histone H3K4 demethylase SMCX links REST target genes to X-linked mental retardation. Nature. 2007, 447(7144):601-5.

6. Fang R, Barbera AJ, Xu Y, Rutenberg M, Leonor T, Bi Q, Lan F, Mei P, Yuan GC, Lian C, Peng J, Cheng D, Sui G, Kaiser UB, Shi YJ. Human LSD2/KDM1b/AOF1 regulates gene transcription by modulating intragenic H3K4me2 methylation. Mol Cell. 2010, 39(2):222-33.

7. Zhang H, Zhang X, Clark E, Mulcahey M, Huang S, Shi YJ. TET1 is a DNA-binding protein that modulates DNA methylation and gene transcription via hydroxylation of 5-methylcytosine. Cell Res. 2010 Dec; 20(12):1390-3.

8. Xu Y, Wu F, Tan L, Kong L, Xiong L, Deng J, Barbera AJ, Shi YJ. Genome-wide Regulation of 5hmC, 5mC, and Gene Expression by Tet1 Hydroxylase in Mouse Embryonic Stem Cells. Mol Cell. 2011, 42(4):451-64.

9. Lian CG, Xu Y, Ceol C, Wu F, Larson A, Dresser K, Xu W, Tan L, Hu Y, Zhan Q, Lee CW, Hu D, Lian BQ, Kleffel S, Yang Y, Neiswender J, Khorasani AJ, Fang R, Lezcano C, Duncan LM, Scolyer RA, Thompson JF, Kakavand H, Houvras Y, Zon LI, Mihm MC Jr, Kaiser UB, Schatton T, Woda BA, Murphy GF, Shi YJ. Loss of 5-hydroxymethylcytosine is an epigenetic hallmark of melanoma. Cell. 2012 Sep 14; 150(6):1135-46.

10. Xu Y, Xu C, Kato A, Tempel W, Abreu JG, Bian C, Hu Y, Hu D, Zhao B, Cerovina T, Diao J, Wu F, He HH, Cui Q, Clark E, Ma C, Barbara A, Veenstra GJ, Xu G, Kaiser UB, Liu XS, Sugrue SP, He X, Min J, Kato Y, Shi YJ. Tet3 CXXC domain and dioxygenase activity cooperatively regulate key genes for Xenopus eye and neural development. Cell, 2012, Dec 7;151(6):1200-13

11. Fang R, Chen F, Dong Z, Hu D, Barbera AJ, Clark EA, Fang J, Yang Y, Mei P, Rutenberg M, Li Z, Zhang Y, Xu Y, Yang H, Wang P, Simon MD, Zhou Q, Li J, Marynick MP, Li X, Lu H, Kaiser UB, Kingston RE, Xu Y, Shi YJ. LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation. Molecular Cell, 2013 Feb 7; 49(3):558-70.

12. Tan L, Xiong L, Xu W, Wu F, Huang N, Xu Y, Kong L, Zheng L, Schwartz L, Shi Y, Shi YJ. Genome-wide comparison of DNA hydroxymethylation in mouse embryonic stem cells and neural progenitor cells by a new comparative hMeDIP-seq method. Nucleic Acids Res. 2013 2013, 41(7):e84.

13. Kong L, Tan L, Lv R, Shi Z, Xiong L, Wu F, Rabidou K, Smith M, He C, Zhang L, Qian Y, Ma D, Lan F, Shi Y, Shi YJ. A primary role of TET proteins in establishment and maintenance of De Novo bivalency at CpG islands. Nucleic Acids Res. 2016 Oct 14;44(18):8682-8692. Epub 2016 Jun 10.

14. Di W, Di H, Hao C, Shi G, Fetahu IS, Wu F, Rabidou K, Fang R, Tan L, Xu S, Liu H, Argueta C, Zhang L, Mao F, Yan G, Chen J, Dong Z, Lv R, Xu Y, Wang M, Ye Y, Zhang S, Duquette D, Geng S, Guo C, Murphy GF, Adler G, Garg R, Lynch L, Yang P, Li Y, Lan F, Fan J, Shi Y, Shi YJ. The Glucose/AMPK/TET2/5hmC axis constitutes a new pathway linking diabetes to cancer. Nature, 2018, Jul; 559 (7715):637-641.

15. Chen H, Yu D, Fang R, Rabidou K, Wu D, Hu D, Jia P, Zhao Z, Wu Z, Peng J, Shi Y, Shi YJ. TET2 stabilization by 14-3-3 binding to the phosphorylated Serine 99 is deregulated by mutations in cancer. Cell Res. 2019, Mar;29(3):248-250.

16. Clark EA, Wu F, Chen Y, Kang P, Kaiser UB, Fang R, Shi YJ. GR and LSD1/KDM1A- Targeted Gene Activation Requires Selective H3K4me2 Demethylation at Enhancers. Cell Rep. 2019, 18;27(12):3522-3532.

17. Fetahu IS, Ma D, Rabidou K, Argueta C, Smith M, Liu H, Wu F, Shi YJ. Epigenetic Signatures of methylated DNA Cytosine in Alzheimer’s Disease. Science Adv. 2019 Aug 28;5(8):eaaw2880.

18. Li W, Karwacki-Neisius V, Ma C, Tan L, Shi Y, Wu F, Shi YJ. Nono deficiency compromises TET1 chromatin association and impedes neuronal differentiation of mouse embryonic stem cells. Nucleic Acids Res. 2020 May 21;48(9):4827-4838.

19. Ma D, Fetahu IS, Wang M, Fang R, Li J, Liu H, Gramyk T, Iwanicki I, Gu S, Xu W, Tan L, Wu F, Shi YJ. The fusiform gyrus exhibits an epigenetic signature for Alzheimer's disease. Clin Epigenetics. 2020 Aug 27;12(1):129.

20. Li S, Feng J, Wu F, Cai J, Zhang X, Wang H, Fetahu IS, Iwanicki I, Ma D, Hu T, Liu H, Wang B, Shi G, Tan L, Shi YJ. TET2 promotes anti-tumor immunity by governing G-MDSCs and CD8+ T-cell numbers. EMBO Rep. 2020 Oct 5;21(10):e49425.