课题组长
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  • 石雨江

    博士,教授,博士生导师

    地址:东安路 131号,明道楼 515室,上海 200032 

    电话:021-54237875 (办公室),021-54237874 (实验室)

    传真:021-54237876

    邮箱:yujiang_shi@hms.harvard.edu

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工作经历
双聘教授 复旦大学附属儿科医院(2012年-今)
特聘教授 复旦大学生物医学研究院(2007年-今)
助理教授/副教授 美国哈佛大学医学院&布莱根妇女医院(2005年-今)
博士后 美国哈佛大学医学院(1999-2005年)
教育经历
博士 美国佛罗里达大学生物科学与技术系(1999年)
学士 武汉大学生物科学与技术系(1990年)
所获人才项目
项目名称 项目来源 时间
上海市千人计划 上海市委组织部 2014年
PEW PEW 2006-2010年

所获奖项
所获奖项获奖名称 授予单位 时间
NIH Individual National Research Service Award NIH/HMS 2001-2005年
Medical Guild Research Award 美国佛罗里达大学 1999年
研究方向
1、表观遗传学的基础研究;
2、表观遗传学的临床医学转化。
具体包括以下研究内容:
1、阐明表观遗传学的基本法则及其生物化学与生物物理学基础;
2、阐明DNA与组蛋白去甲基化的分子机制,鉴定新型催化酶复合物与调控因子并阐明其生物学功能;
3、绘制人类复杂疾病(例如:癌症、阿尔茨海默病、糖尿病及其它代谢综合症等)的表观基因组图谱,解析这些疾病发生、发展与演化过程中的表观遗传调控特性,进而应用于这些疾病的诊断与治疗;
4、从表观遗传调控机制入手研发肿瘤免疫治疗的新方法与新药物。
代表论文

1. Kong L, Tan L*, Lv R, Shi Z, Xiong L, Wu F, Rabidou K, Smith M, He C, Zhang L, Qian Y, Ma D, Lan F, Shi Y*, Shi YG*. A primary role of TET proteins in establishment and maintenance of De Novo bivalency at CpG islands. Nucleic Acids Res. 2016 Oct 14;44(18):8682-8692.

2. Shi YG*, Tsukada Y. The discovery of histone demethylases. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2013 Sep 1;5(9).

3. Tan L, Xiong L, Xu W, Wu F, Huang N, Xu Y, Kong L, Zheng L, Schwartz L, Shi Y, Shi YG*. Genome-wide comparison of DNA hydroxymethylation in mouse embryonic stem cells and neural progenitor cells by a new comparative hMeDIP-seq method. Nucleic Acids Res. 2013 Apr;41(7):e84.

4. Fang R, Chen F, Dong Z, Hu D, Barbera AJ, Clark EA, Fang J, Yang Y, Mei P, Rutenberg M, Li Z, Zhang Y, Xu Y, Yang H, Wang P, Simon MD, Zhou Q, Li J, Marynick MP, Li X, Lu H, Kaiser UB, Kingston RE, Xu Y, Shi YG*. LSD2/KDM1B and its cofactor NPAC/GLYR1 endow a structural and molecular model for regulation of H3K4 demethylation. Mol Cell. 2013 Feb 7;49(3):558-70.

5. Xu Y, Xu C, Kato A, Tempel W, Abreu JG, Bian C, Hu Y, Hu D, Zhao B, Cerovina T, Diao J, Wu F, He HH, Cui Q, Clark E, Ma C, Barbara A, Veenstra GJ, Xu G, Kaiser UB, Liu XS, Sugrue SP, He X, Min J*, Kato Y*, Shi YG*. Tet3 CXXC domain and dioxygenase activity cooperatively regulate key genes for Xenopus eye and neural development. Cell. 2012 Dec 7;151(6):1200-13.

6. Lian CG, Xu Y, Ceol C, Wu F, Larson A, Dresser K, Xu W, Tan L, Hu Y, Zhan Q, Lee CW, Hu D, Lian BQ, Kleffel S, Yang Y, Neiswender J, Khorasani AJ, Fang R, Lezcano C, Duncan LM, Scolyer RA, Thompson JF, Kakavand H, Houvras Y, Zon LI, Mihm MC Jr, Kaiser UB, Schatton T, Woda BA, Murphy GF*, Shi YG*. Loss of 5-hydroxymethylcytosine is an epigenetic hallmark of melanoma. Cell. 2012 Sep 14;150(6):1135-46.

7. Tan L, Shi YG*. Tet family proteins and 5-hydroxymethylcytosine in development and disease. Development. 2012 Jun;139(11):1895-902.

8. Xu Y, Wu F, Tan L, Kong L, Xiong L, Deng J, Barbera AJ, Zheng L, Zhang H, Huang S, Min J, Nicholson T, Chen T, Xu G, Shi Y, Zhang K, Shi YG*. Genome-wide regulation of 5hmC, 5mC, and gene expression by Tet1 hydroxylase in mouse embryonic stem cells. Mol Cell. 2011 May 20;42(4):451-64.

9. Fang R, Barbera AJ, Xu Y, Rutenberg M, Leonor T, Bi Q, Lan F, Mei P, Yuan GC, Lian C, Peng J, Cheng D, Sui G, Kaiser UB, Shi Y, Shi YG*. Human LSD2/KDM1b/AOF1 regulates gene transcription by modulating intragenic H3K4me2 methylation. Mol Cell. 2010 Jul 30;39(2):222-33.

10. Tahiliani M, Mei P, Fang R, Leonor T, Rutenberg M, Shimizu F, Li J, Rao A, Shi Y*. The histone H3K4 demethylase SMCX links REST target genes to X-linked mental retardation. Nature. 2007 May 31;447(7144):601-5.

11. Shi YJ#, Matson C, Lan F, Iwase S, Baba T, Shi Y. Regulation of LSD1 histone demethylase activity by its associated factors. Mol Cell. 2005 Sep 16;19(6):857-64.

12. Shi Y#, Lan F, Matson C, Mulligan P, Whetstine JR, Cole PA, Casero RA, Shi Y. Histone demethylation mediated by the nuclear amine oxidase homolog LSD1. Cell. 2004 Dec 29;119(7):941-53.

13. Shi Y#, Shi Y. Metabolic enzymes and coenzymes in transcription--a direct link between metabolism and transcription? Trends Genet. 2004 Sep;20(9):445-52.

14. Shi Y#, Sawada J, Sui G, Affar el B, Whetstine JR, Lan F, Ogawa H, Luke MP, Nakatani Y, Shi Y. Coordinated histone modifications mediated by a CtBP co-repressor complex. Nature. 2003 Apr 17;422(6933):735-8.


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