课题组长
首页 > 人才队伍 > 课题组长
工作经历
研究员,复旦大学,生物医学研究院(2013–至今)
研究员,中国科学院,生物化学细胞所(2007–2013)
研究员/主任,美国伊利诺伊大学(2000–2007)
博士后,美国康涅狄格大学(1997–1999)
教育经历
博士,美国康涅狄格大学(1991–1997)
硕士,中国科学院(1988–1991)
学士,北京大学(1984–1988)
所获奖项
国家重点研发计划“精准医学研究”重点专项“疾病研究精准医学知识库构建”项目,年度:2016-2020,项目首席,经费:4632万
国家863生物大数据开发与利用关键技术研究项目“组学大数据的质量控制与临床应用标准化研究”课题,课题编号:2015AA020104;年度:2015-2017;承担任务:负责临床数据平台建设,子任务经费:112万
研究方向
实验室研究领域涵盖生物医学信息学领域研究工作。主要方向为组学数据的分析与挖掘,生物网络的构建与分析,生物系统的建模与模拟,生物医学大数据整合与挖掘,临床决策支持,智能医疗技术和精准医学。
1)组学数据分析,转录组数据分析,调控网络分析,测序分析等
通过分析包括癌症在内重大疾病在基因组,转录组,蛋白组,代谢组的转变和癌症之间的异质性,对疾病的发生,发展,分型从系统上探究。通过整合多组学数据,有效地利用多组学数据之间的互补性,系统而全面的解释癌症的机理。目前实验室已在肝癌,卵巢癌等疾病上做了大量工作并取得了可喜的成果。
通过转录组数据分析,实验室从大量样本表达谱中筛选出一组和HCC发病相关的 lncRNAs,并鉴定了其表达特征。从中我们选取一个名为lncRNA DANCR的基因,并使用公共数据分析了该基因在肝癌发病中所起到异质性、表型、预后和调控机制(Yuan sx ,Wang j et al.Hepatology.2016)
2)生物医学大数据平台和精准医疗
建立临床资料数据中心、样本库信息管理系统和组学数据库;通过文本挖掘整理收集临床电子病历中的结构化数据用于临床分析;药物临床试验信息管理系统;医学知识库构建与数据模型研发;精准医疗决策支持系统。
本课题组利用规范化的文献文本挖掘、人工校正等手段,构建精准医学知识库,并做展示。课题组目前已经承接十三五重大专项“疾病精准医疗知识库构建”。
“疾病研究精准医学知识库构建”
该课题属于“精准医学”重点研发专项,于2016年获得国家科技部批准,项目牵头单位为复旦大学生物医学研究院,刘雷教授为项目首席,项目编号:2016YFC0901900 ,项目执行期2016-2020年。
该项目主要研究任务是针对恶性肿瘤、心脑血管等重大疾病在内的全疾病谱,集成生物医学本体和多类型医学文本资源,并融合多层次生物信息数据,分析生物通路和网络的特征,通过多维自动化与人工审编,构建精准医学研究知识库体系及知识推送系统,实现精准医学知识库的检索、展示、管理与共享,以及面向科研与临床不同需求的知识库应用。
3)动态系统模型
动态系统模型能够更加真实的反应和模拟生物体内的各种生理进程。通过构建包括癌症在内的多种疾病增殖和代谢模型,模拟生物体内疾病的动态变化,为研究疾病的发生机理和建议治疗方法提供有效的帮助。
代表论文
  1. Hou, G*., Chen, L*., Liu, G*., Li, L., Yang, Y., Yan, H., Zhang, H., Tang, J., Yang, Y., Lin, X., Chen, X., Luo, G., Zhu, Y., Tang, S., Zhang, J., Liu, H., Gu, Q., Zhao, L., Li, Y., Liu, L*., Zhou, W*., Wang, H*.Aldehyde dehydrogenase-2 (ALDH2) opposes hepatocellular carcinoma progression by regulating AMP-activated protein kinase signaling in mice.Hepatology.2017,65(5):1628-1644.  

  2. Hou, G., Chen, L., Liu, G., Li, L., Yang, Y., Yan, H., Zhang, H., Tang, J., Yang, Y., Lin, X., Chen, X., Luo, G., Zhu, Y., Tang, S., Zhang, J., Liu, H., Gu, Q., Zhao, L., Li, Y., Liu, L.*, Zhou, W.*, Wang, H*. Aldehyde Dehydrogenase-2(ALDH2) Opposes HCC Progression By Regulating AMPK Signaling. Hepatology, 2017 May;65(5):1628-1644.

  3. Hou, G., Liu, G., Yang, Y., Li, Y., Yuan, S., Zhao, L., Wu, M., Liu, L.*, Zhou, W*. Neuraminidase 1(NEU1) promotes proliferation and migration as a diagnostic and prognostic biomarker of hepatocellular carcinoma. Oncotarget, 2016,7, 64957-64966.

  4. Liu, G., Hou, G., Li, L., Li, Y., Zhou, W.*, Liu, L.*. Potential diagnostic and prognostic marker dimethylglycine dehydrogenase(DMGDH) suppresses hepatocellular carcinoma metastasis in vitro and in vivo. Oncotarget, 2016, 7(22): 32607-32616.

  5. Yuan, S., Wang, J., Yang, F., Tao, Q., Zhang, J., Wang, L., Yang, Y., Liu, H., Wang, Z., Xu, Q., Fan, J., Liu, L.*, Sun, S., Zhou, W. Long noncoding RNA DANCR increases stem-ness features of hepatocellular carcinoma by derepression of CTNNB1. Hepatology, 2016, 63(2):499-511.

Top